上海高等研究院坐落在上海市浦东新区张江高科技园区海科路99号的中国科学院上海浦东科技园内，是由中国科学院和上海市人民政府共同建设的科研机构，旨在积极开展原始创新和集成创新研究，加强与海内外研发机构、大学和企业的合作，集聚海内外杰出学者，促进我国相关战略新兴产业发展成为技术引领者，加快科学技术成果转移转化，实践科技与经济、科技与教育、科技与金融、科技与文化的四结合，努力成为有国际竞争力的集研、产、学、用为一体的多学科交叉综合性科教机构。
上海高等研究院已形成交叉前沿与先进材料、信息科学与技术、空间科技、能源与环境、生命科学与技术及技术转移转化的“五部一中心”的发展格局，致力于以先进微小卫星、绿色智能城网、高端医疗影像设备三个重大突破为目标，将物联网行业应用、无线三网融合、可持续能源解决方案、温室气体和环境工程、干细胞与纳米医学作为五个重点培育方向大力发展科研及其应用。

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光电研究院是经中央机构编制委员会批准，在中国科学院空间科学与应用总体部、中国科学院天地一体化遥感技术系统总体部、中国科学院导航总体部基础上成立的隶属于中国科学院的国立研究机构，由总部、长春光学精密机械与物理研究所、上海技术物理研究所、西安光学精密机械研究所、上海光学精密机械研究所和（成都）光电技术研究所组成。
光电研究院在光电工程领域、航天航空领域和应用科技领域等三个领域展开前沿性、战略性和系统集成创新工作，逐步形成了持续支持和支撑多总体并行发展的学科技术领域和技术总体体系。在科学技术探测系留气球平台、电动力推进飞艇、无人机遥感载荷验证系统、大型复杂激光器、极大规模集成电路光刻机关键部件、机载激光雷达和大屏幕激光显示系统等取得了多项科研成果。

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东方计量测试研究所是隶属于中国空间技术研究院的集电磁学、无线电电子学、时间频率、几何量、热学、力学、真空、卫星应用和电磁干扰等专业为一体的综合性计量测试研究所，也是国防科技工业电学一级计量站，以及国家航天器研制计量测试中心、国家卫星应用产品质量监督检验中心、工业（卫星产品）质量控制和技术评价实验室、道路运输车辆卫星定位系统平台和车载终端检测机构、北京危险品车载运输监控设备检测检验中心、中国卫星导航定位设备检测（北京）中心。
东方计量测试研究所承担着国防、军队系统量值传递和计量校准测试任务，开展测量技术和测试方法研究，计量标准建立与考核，相关检测检验试验，能力验证和比对，测量仪器设备及软件研发与系统集成，各类专业培训、技术研发与咨询服务等工作。

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中国科学院研究生院（Graduate University of Chinese Academy of Sciences，GUCAS）成立于1978年，是经国务院批准创办的第一所研究生院，是国家教育部正式批准成立的正规高校，是一所专门从事博士、硕士研究生教育的新型现代化研究型高等院校。中国大陆研究生院作为中国国民教育体系的一部分，与其他正规高校一样，招生纳入国家计划，学位授予由国务院学位委员会管理。

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中科院遥感地球所是在中国科学院遥感应用研究所、中国科学院对地观测与数字地球科学中心基础上组建的直属于中国科学院的综合性科研机构，设置科技机构、管理机构、支撑机构、咨询机构等，其中遥感科学国家重点实验室、对地观测应用技术中心、国家遥感应用工程技术研究中心、中科院数字地球重点实验室、中国遥感卫星地面站、中科院航空遥感中心是科研与运行工作的主体。
中科院遥感地球所拥有联合国教科文组织、科技部、发改委等机构设立的空间技术中心、国家工程实验室、工程技术中心、陆地卫星数据中心等科研平台与基地，致力于研究遥感信息机理、对地观测与空间地球信息前沿理论，建设运行国家航天航空对地观测重大科技基础设施与天空地一体化技术体系，构建形成数字地球科学平台和全球环境与资源空间信息保障能力。

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中科院人事局是中国科学院的人事管理机构，主要负责人力资源规划、政策、规章制度等的研究制定，领导干部队伍建设与管理，各类人才计划、博士后等综合管理，机构设置、事业编制与岗位配置管理，薪酬、激励、保障等人事管理，职工继续教育与培训工作，院机关人事管理等，对口联系国家有关部门，承担院领导交办的工作。
中科院人事局目前设置有综合处、领导干部处、人才处、机构与岗位管理处、薪酬与社会保障处、继续教育与干部监督处、机关人事处(机关党委办公室)等机构。

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中科院软件研究所位于北京海淀区中关村南四街4号中国科学院软件园内，是一所致力于计算机科学理论和软件高新技术的研究与发展的综合性基地型研究所，现拥有无锡、重庆、哈尔滨、广州、青岛、南京、贵阳七处研究所分部研发基地，已形成了以多个国家重点实验室、国家工程研究中心为龙头的基础前沿研究、软件高技术研究和软件应用研究三大科研体系，建立了计算机科学、计算机软件、计算机应用技术等重点学科领域和相关学科方向的学科布局。
中科院软件研究所设有软件基础研究部、软件高技术研究部、软件应用研究部和软件发展研究部等四个研究部以及总体部，集中了一批学术造诣深厚、享誉国内外的科学家，拥有一支高素质、高水平的青年科技人才队伍；现有计算机科学与技术、软件工程两个一级学科硕士、博士研究生培养点，计算机技术、软件工程两个全日制专业学位硕士研究生培养点；并设有计算机科学与技术、软件工程两个博士后科研工作流动站。

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中科院高能物理研究所是我国从事高能物理研究、先进加速器物理与技术研究及开发利用、先进射线技术与应用的综合性研究基地，也是中国高能物理学会、粒子加速器学会、核电子学与探测技术学会、同步辐射专业委员会、引力与相对论专业委员会、毒理学会纳米毒理学专业委员会的挂靠单位，开创并推动了中国的粒子物理实验、粒子天体物理实验、粒子加速器物理与技术、同步辐射技术及应用等学科领域的研究和发展，培养了一批优秀科学家，取得了一批高水平研究成果，研发了许多高技术产品，为国家科技事业发展作出了重要贡献。
中科院高能物理研究所建有北京正负电子对撞机国家实验室、核探测与核电子学国家重点实验室，以及粒子天体物理重点实验室、纳米生物效应与安全重点实验室2个中国科学院重点实验室和北京市射线成像技术与装备工程中心。高能所下设实验物理中心、粒子天体物理中心、理论物理室、计算中心、加速器中心、多学科研究中心、核技术应用研究中心等7个研究单位，并在广东东莞设有分部。

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中科院物理研究所是以物理学基础研究与应用基础研究为主的多学科、综合性研究机构，也是北京凝聚态物理国家实验室的依托单位，以及中关村物质科学大型仪器区域中心筹建的牵头单位和北京纳米科学大型仪器区域中心的成员单位，以“面向国家战略需求，面向世界科技前沿”的战略定位，以“建成国际一流物质科学研究基地”为目标，研究方向以凝聚态物理为主，包括凝聚态物理、光学物理、原子分子物理、等离子体物理、软物质物理、凝聚态理论和计算物理等。
中科院物理研究所现有超导、磁学、表面物理3个国家重点实验室，光学物理、先进材料与结构分析、纳米物理与器件、极端条件物理、软物质物理、清洁能源前沿研究、凝聚态理论与计算7个院重点实验室，固态量子信息与计算、微加工实验室2个所级实验室，它们与国际量子结构中心、量子模拟科学中心、北京散裂中子源靶站谱仪工程中心、清洁能源中心、超导技术应用中心、功能晶体研究与应用中心等6个研究中心共同构成物理所的研究体系。

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西双版纳热带植物园是经国务院批准成立的隶属于中国科学院的独立研究机构，也是中国科学院知识创新工程试点单位之一，以及国家5A级旅游景区，旨在立足我国云南，面向我国西南和东南亚，以热带、亚热带过渡区生物群落和生态系统为基础，探讨人类活动和环境变化对生态系统结构与功能的影响及物种濒危机制，为知识创新和知识传播以及社会经济发展做贡献。
西双版纳热带植物园作为集科学研究、物种保存和科普教育为一体的综合性研究机构和国内外知名的风景名胜区，占地面积约1125hm2，收集活植物12000多种，建有38个植物专类区，保存有一片面积约250hm2的原始热带雨林，是我国面积最大、收集物种最丰富、植物专类园区最多的植物园，也是世界上户外保存植物种数和向公众展示的植物类群数最多的植物园。

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